Pupuk Kaltim menerapkan Tata Kelola Perusahaan (Good Corporate Governance) sebagai acuan dalam menjalankan kegiatan usaha yang dilandasi dengan penerapan prinsip-prinsip Transparansi, Kemandirian, Akuntabilitas, Pertanggungjawaban, dan Kewajaran.
Pupuk Kaltim terus melanjutkan upaya melengkapi dan memperbaiki penerapan praktik GCG, baik meliputi aspek komitmen, struktur dan proses GCG pada organ utama Perseroan, organ pendukung, maupun aspek pengelolaan hubungan dengan pemangku kepentingan lainnya sehingga perusahaan mampu mencapai kinerja yang baik dan dapat bertahan dari dampak krisis keuangan yang bisa terjadi setiap saat. Kode Etik Perusahaan, yang telah dimiliki sejak tahun 2005, merupakan salah satu elemen penting dalam kerangka penerapan GCG.